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PNU 리서치

'오창규 교수팀, 제브라피시·단일세포 분석으로 다공성 실리콘 나노입자 '생체적합성 지도' 구축'
융합의과학과 오창규 교수팀, 제브라피시·단일세포 분석으로 다공성 실리콘 나노입자 '생... 개체부터 세포까지 멀티스케일 평가…세포 유형별 스트레스·면역·대사 반응 정밀 규명


나노소재 기반 약물전달 기술이 항암 치료와 정밀의학의 핵심 플랫폼으로 떠오르고 있지만, 실제 생체 내에서 어떤 조직/어떤 세포가 어떻게 반응하는지까지 정밀하게 확인할 수 있는 안전성 평가 체계는 아직 충분하지 않다. 기존 독성 평가는 주로 생존율, 형태 이상, 조직 손상 등 개체(whole organism) 또는 조직 수준 지표에 의존해 왔기 때문에, 나노입자 특성에 따라 달라질 수 있는 세포 유형별 반응과 분자 수준 변화를 놓치기 쉽다는 한계가 있었다.


이에, 융합의과학과 오창규 교수와 김윤학 교수 연구팀다공성 실리콘 나노입자(porous silicon nanoparticles, pSiNPs)의 생체적합성개체에서 단일세포 해상도까지 한 번에 연결해 분석하는 다중 스케일(multi-scale) 전략을 제시해 관심을 모으고 있다. 연구팀은 투명하고 발달이 빠르며 독성·발생 연구에 널리 활용되는 제브라피시 배아(zebrafish embryo) 모델을 이용해 pSiNPs 노출 후 생존율, 형태학적 변화, 장기 발달, 심박수 등 거시적 지표를 먼저 평가했다. 이어 동일 조건에서 확보한 시료를 대상으로 단일세포 RNA 시퀀싱(scRNA-seq)을 수행해, 개별 세포 단위에서 유전자 발현 변화를 정밀하게 추적했다.


특히 이번 연구의 핵심은 개체 수준에서 관찰되는 표현형(phenotype)과 단일세포 전사체 변화(transcriptomic response)를 유기적으로 연결해, 조직 및 세포 유형별 반응을 한눈에 볼 수 있는 고해상도 ‘생체적합성 지도(biocompatibility atlas)’를 구축했다는 점이다. 


분석 결과, pSiNPs는 전반적으로 높은 생체적합성을 보였으며, 단일세포 수준에서도 세포 구성 및 유전자 발현 변화가 거의 관찰되지 않았다. 특히 산화 스트레스, 면역 반응, 세포 사멸 등 독성과 관련된 주요 경로에서도 유의한 변화가 확인되지 않아, 세포 유형 전반에 걸쳐 안정적인 생체 반응을 나타냈다.



【연구진 왼쪽부터 오창규 교수, 권은정 박사후연구원, 김예진 박사과정생】


연구팀은 이번 플랫폼이 특정 소재(pSiNPs)에만 국한되지 않고, 향후 다양한 나노소재에도 적용 가능한 체계적 생체적합성 스크리닝 프레임워크가 될 수 있다고 강조했다. 개체 수준 독성 결과와 단일세포 전사체 데이터를 통합해 해석함으로써, 나노소재 기반 치료제 개발 과정에서 안전성 평가의 기준을 고도화하고, 세포 유형별 반응 메커니즘을 바탕으로 한 정밀한 설계·개선 전략 수립에도 기여할 것으로 기대된다.


이번 연구는 경희대와의 공동연구로 수행됐으며, 융합의학과 오창규 교수와 의학과 및 융합의과학과 김윤학 교수가 공동 교신저자, 의학연구원 소속 권은정 박사후연구원, 융합의과학과 김예진 박사과정생이 공동 제1저자로 참여했다. 국제 학술지 『Biomaterials』 온라인 3월 12일자에 소개됐으며, 8월호에 게재될 예정이다.


- 논문 제목: A Multi-Scale Biocompatibility Atlas of Porous Silicon Nanoparticles: From Whole Embryo to Single-Cell Resolution(다공성 실리콘 나노입자의 생체 적합성 아틀라스: 개체 수준에서 단일 세포 해상도까지의 통합적 분석)

- 논문 링크: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41833253 

* 상단 연구 이미지: pSiNP의 다중 스케일 생체 적합성 지도: 전체 배아에서 단일 세포 해상도까지



[Abstract]

The clinical translation of nanomedicines, such as porous silicon nanoparticles (pSiNPs), requires rigorous and multidimensional safety evaluation that extends beyond conventional in vitro assays, which often fail to capture complex in vivo interactions. Here, we establish a multi-scale assessment pipeline employing the zebrafish (Danio rerio) model, integrating whole-organism phenotyping with single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) for high-resolution biological profiling. Zebrafish embryos demonstrated exceptional tolerance to pSiNPs, with no observable changes in survival, developmental morphology, or overall growth. Transient and mild reductions in cardiac and locomotor activity observed 2 h post-exposure were fully restored within 24 h, indicating minimal physiological perturbation. At the molecular level, unbiased scRNA-seq analyses revealed a largely quiescent transcriptomic landscape: pSiNP exposure did not disrupt cellular composition or activate gene programs related to stress, toxicity, or inflammation. This integrative, organism-to-single-cell blueprint of biocompatibility provides compelling evidence supporting the safety of pSiNPs and highlights their potential as a robust platform for next-generation drug delivery and theranostic applications.


- Authors (Pusan National University)

∙ First authors: Eun Jung Kwon (Medical Research Institute), Yejin Kim (Department of Convergence Medical Sciences, School of Medicine)

∙ Corresponding authors: Yun Hak Kim (Department of Anatomy, School of Medicine), Chang-Kyu Oh (Department of Biochemistry, School of Medicine)

- Title of original paper: A Multi-Scale Biocompatibility Atlas of Porous Silicon Nanoparticles: From Whole Embryo to Single-Cell Resolution

- Journal: Biomaterials

- Web link: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41833253

- Contact e-mail: Chang-Kyu Oh (ck1988@gmail.com)

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